Pada umumnya kegiatan ekstrakurikuler menjadi kegiatan unggulan di Madrasah Aliyah Negeri 2 Banyuwangi. Kegiatan ekstrakurikuler pada tingkat Madrasah Aliyah antara lain:
- Pramuka (Wajib)
- Palang Merah Remaja (PMR)
- Rohani Islam (Rutinitas sholat dhuha dan sholat dhuhur berjamaah)
- Olah Raga (Sepakbola, Futsal, Basket, Volly, Bulu Tangkis, Tenis Meja, Panjat Tebing, Catur, Panahan)
- Kesenian (Musik, Teater, Hadrah, Drumband, Karawitan, Qiro’at)
- Hafidz Qur’an
- Jurnalistik
- Karya Ilmiah Remaja
Kegiatan ekstrakurikuler dilaksanakan dalam rangka mendukung pembentukan karakter islami dan sikap sosial peserta didik, terutamanya adalah sikap peduli terhadap orang lain dan lingkungan. Di samping itu juga dapat dipergunakan sebagai wadah dalam penguatan pembelajaran berbasis pengamatan maupun dalam usaha memperkuat kompetensi keterampilannya dalam ranah konkrit. Dengan demikian kegiatan ekstrakurikuler ini dapat dirancang sebagai pendukung kegiatan kurikuler.
Jumlah alokasi waktu jam pembelajaran ektrakurikuler setiap kelas merupakan jumlah minimal yang dapat ditambah sesuai dengan kebutuhan peserta didik.